Den store krigeren Samurai Jack blir tvangsflyttet langt inn i framtida av den onde trollmannen Aku. Trollmannen har delt verden inn i stammer, hver av dem under ledelse av en av hans roboter. I jakten på en tidsportal som kan lede Samurai Jack hjem, reiser han gjennom et goldt og fremmed landskap. Han må ta i bruk all sin fysiske og psykiske styrke.