„Naujasis popiežius“ prasideda tuo, kuo baigėsi „Jaunasis popiežius“ – į komą panirusiu Pijumi XIII. Praėjus devyniems mėnesiams randama jam pamaina. Naujuoju popiežiumi, Jonu Pauliu III, paskiriamas intelektualus dvasininkas, britų aristokratas, visiška ankstesniojo priešingybė.